第五章

　　時を越えた邂逅

　　在Little Wing觀看新聞得知，格拉爾各地發生神秘失蹤事件，而已被找到的失蹤者都有著不明原因的記憶喪失癥狀，原來之前襲擊女主角的入侵者也是失蹤者，他們醒后完全沒有入侵CLAD 6時的記憶，跟襲擊卡修族的人同樣的狀態，現在事態更嚴重，負責搜索失蹤者的工作人員也同樣失蹤了，這次委托的任務就是要把失蹤的工作人員找回來。

　　看完新聞后，艾米莉亞認為襲擊卡修族村和襲擊自己的應該都是那個白發黑衣的少年所為

　　ACT.1

　　戰斗區域：エルバルス雪山

　　對話選擇

　　上

　　よろしく頼む

　　上

　　すごい子だよ

　　上

　　そうかもしれない

　　三人來到雪山碰見同樣執行著任務的露米婭，露米婭要求同行，于是四人便開始搜索工作，本關以水、土、暗屬性的怪物為主，眾人對于這個區域居然出現被SEED感染的怪物覺得很奇怪，聽過艾米莉亞的分析后，露米婭對她的分析能力感到驚訝，結束對話后眾人繼續前進，進入設施后本次的守關怪物就會出現，守關怪物是個大型自律兵器，要留意它會經常向你投放大范圍轟炸彈，轟炸彈的威力大，很容易被連擊至死，玩家要只要留意炮彈的攻擊方向注意閃避就可以了。

　　ACT.2

　　戰斗區域：地下洞窖

　　對話選擇

　　上

　　夢なんかじゃない

　　下

　　一人では無理だ

　　打完守關怪物后，露米婭仍舊沒獲得G組織調查隊的信息，原來不單是Little Wing的工作人員失蹤了，連G組織的工作人員也失蹤了。于是眾人決定再往洞窖里的設施探究，剛進入洞窖便聽到有人的叫喊聲，眾人向聲音方向跑去，發現是Little Wing和G組織的工作人員，但是他們很驚慌，好象不分敵我一樣向眾人發動攻擊，并且將眾人看成SEED，眾人惟有在不傷害到工作人員的情況下將他們擊倒。本關的怪物以暗屬性為主，而任務條件就是將所有神志不清的工作人員擊倒，而本關有些墻壁是需要玩家將特別爆彈移動到需要爆炸的位置，移動方法就是向特別爆彈攻擊即可，要注意那些特別墻壁背后的隱藏房間是有工作人員在的，建議玩家全部清理掉。進入最后關卡，守關是一只叫SEED•アーガイソ的怪物，要擊倒他很容易，不過要先清理好它身邊的怪物，因為那些小兵會放出冰屬性魔法，容易將玩家凍結。

　　打完SEED•アーガイソ后，尤多突然感應到卡修族侍奉的大地神，于是便向感應的方向跑走，露米婭留下來處理善后，玩家和女主角便去追回尤多，趕上尤多后，發現他被白發黑衣的少年擊倒，失蹤事件、襲擊事件全部都是少年的作為，此時美加出現，少年稱呼美加為反叛者，二人各執一見，美加認為現在的格拉爾是屬于現在的人們，那是他們的努力結晶;而少年則認為這個時代的成就是建立在舊文明的遺產基礎上，舊文明人是萬物的創造主。一番爭吵后，少年便離開了，看來要阻止舊文明人的計劃就要阻止那個少年，但暫時大家都沒任何勝算，正當大家都在失望的時候，露米婭出現鼓勵大家。

　　回到Little Wing管轄區后，發現克勞齊一直擔心著大家不斷發送信息，但是因為磁場問題，在任務中的女主角并沒收到克勞齊的信息，三人立即到Little Wing中，雖然失蹤的社員已經找回來，但失蹤原因還是不明，艾米莉亞將事情詳細告訴給克勞齊和烏魯蘇拉后，眾人便討論起來，最近參加亞空間發生裝置研究的人有部分出現幻覺實體化的現象，估計在地下洞窖時SEED突然出現就是因為幻覺實體化了，但是由于沒有足夠的證據，暫時只能以逮捕黑衣少年為目標，到此第五章結束。

　　對話結束后，系統開追加自由任務「燃ゆる銀世界」、「冰雪の洞窟」、「最果ての實驗基地」和交換任務「樂園衛星の里酒場」。EXTRA任務「白き旅人」