第一章

　　翼を抱いた少女

　　戰斗區域：海底レリクス

　　游戲開端就是劇情對話和動畫，玩家跟其他傭兵一起集合到新發現的區域海底レリクス進行調查，在那里突然發生坍塌，區域內的安全門關閉上，玩家發現自己與女主角都來不及離開，于是便決定一起往區域里面尋找出路。本章節是基本操作教學，一路上的怪物不多，基本是以火屬性和光屬性為主，沿路進入第二層會有光子護欄擋住去路，玩家只需要使用回避動作就可以避開這些護欄;來到第三層，這個開關需要兩條鑰匙來開，玩家只要向前走會來到一個房間，到里面啟動裝置，第一把鑰匙就會在房間門口出現，回到開關前只需要打倒兩個怪物，第二把鑰匙就會出現。

　　對話選擇

　　上

　　少女に聲をかける

　　下

　　たしかにひどい

　　下

　　ここに來たことがあるの?

　　上

　　信じる

　　上

　　大丈夫

　　★BOSS戰

　　★スヴァルティア

　　劇情對話后便有BOSS特寫CG動畫，本區域BOSS為LV3的光屬性大型自律機動兵器，HP不高，攻擊也可以使用格檔或回避躲掉。

　　BOSS攻擊方式有幾種：1.從遠處跳到玩家所在位置砸下來、2.從遠處沖向玩家發動追尾攻擊、3.靠近時發動圓周攻擊、4.近身向玩家砍下斧頭攻擊、5.原地爆發追尾攻擊。

　　提示：戰斗一開始會遇到PSO的經典怪物刀魔，刀魔的攻擊方式跟以往不同，會跳起攻擊玩家，這個攻擊方式有擊倒效果而且威力對玩家初級殺傷力挺大，要留意用盾防御或回避掉。

　　戰后將增加自由任務「海の底の古代遺跡」和「草原の支配者」和開放行星帕爾姆的移動許可。

　　戰斗后發生劇情對話，大型自律機動兵器原來并沒完全擊破，當它準備向女主角發動攻擊時，玩家為女主角擋下這一擊，醒后發現自己已經在Little Wing中，原來是被Little Wing的統籌者獸人大叔克勞齊救起，克勞齊邀玩家加入Little Wing成為雇傭兵。跟女主角發生劇情對話后，進入個人房間，女主角介紹完房間功能后暫時在玩家房間小休一回，當玩家正要離開房間時，女主角體內的迷之女性“美加”出現并要求與玩家說話，原來玩家在救女主角的時候已經被自律機動兵器殺死，美加被女主角強烈的愿望呼喚出來將玩家的身體再構造才得以生存，交談中發現美加是來自舊文明時代的人，使用已流失的古代技術將其意識寄存在女主角中。原來舊文明時代也曾被SEED襲擊，經過長期戰斗終于將SEED封印，但是因為SEED的污染，三行星已經不能復原，行星與舊文明的人滅亡只是時間上的問題，于是舊文明的人就實行了跨越時空的“復活計劃”，首先對被SEED污染的行星進行凈化，然后制作新的人類素體投放到大地上，之后舊文明的人將已經被污染的肉體放棄，維持著精神狀態，進入長眠，等待新的人類素體創造出高度文明時就將他們的身體奪過來，由此復活。美加請求玩家協助阻止這個計劃。此時女主角蘇醒，并向玩家介紹據點的行星移動功能，對話后便獲得行星間移動許可和女主角的隊友卡片，到此第一章結束。

　　第二章

　　黑衣の破壞者

　　ACT.1

　　戰斗區域：位于熱帶雨林中的卡修族村

　　對話選擇

　　下

　　任せて

　　上

　　依頼を成功させよう

　　上

　　わかった

　　上

　　全然わからない

　　下

　　村が気になる

　　做完一次自由任務后回到據點發生劇情，克勞齊委托玩家到莫多普行星尋找一個獸人族的男人，玩家和女主角到達莫多普行星的文化保護區后遇見同樣也在找人的獸人夫婦托尼奧和莉娜，四人認為這個區域雖然有很多飛船停留卻沒有其他人在覺得很可疑，于是便決定一起行動。一行人來到卡修族的村子作調查，發現到處都是卡修族設置的陷阱，通道被火柱陷阱擋住通路，此時玩家只需要按L+方向鍵呼出主觀視點就可以向著紫色的花作調查，調查后就可以穿過火焰繼續前進。來到第二層會有一個石墻擋住玩家去路，此時只需要呼出主視點調查就可以將石墻擊破。一路上怪物以土屬性和火屬性為主，進入第三層后在柱子群中見到一棵樹向樹上調查后用槍將果實射下來，調查后可以獲得提示擁有紫色花的通道是正確的，其他都是陷阱。進入提示的通道后就遇到卡修族的少年尤多，尤多誤會了眾人是來襲擊村子的，于是便向玩家發動攻擊，此時馬上進入BOSS戰。

　　★BOSS戰

　　★卡修族少年

　　卡修族少年體積小而且攻擊速度很快，還會專門攻擊玩家，剛開始是土屬性，受到一定傷害后變成火屬性，推薦使用遠程攻擊武器。

　　提示:通道選擇為1.調查紫花2.從火柱通過3..打破石巖4.二層調查紫花5.走沒有黑火的通道6.分支路段上打破中間的石巖7.調查巖石下的機關8.選擇向非機械箭形符號的一方9.有紫花一邊的通道

　　ACT.2

　　卡修族村周邊

　　對話選擇

　　下

　　エミリアを助け起こす

　　戰斗后托尼奧和莉娜二人決定留下照顧少年，讓玩家和女主角先走，于是二人便繼續搜索行動。剛進入第一層守門口的是我們熟悉的PSO經典怪物鉆頭拉比鳥，與PSO時代的攻擊方式不同的是它鉆到地下向玩家追尾，還會騰空沖向玩家，此攻擊方式帶有擊倒效果，被打到也會很傷，要注意多用回避和格檔。進入第二層后來到大廣間會有個粉紅色的偽鑰匙，此時玩家只需要裝備近身武器將它擊破即可。來到最后一區守關的是一只電獸，主要攻擊方式為全身發出電向玩家作帶有小小追尾性的沖擊，因為是連續性攻擊，所以建議沒裝備盾且HP防御力教弱的玩家不要防御，在怪物就快要沖過來的時候用回避動作躲開攻擊。擊倒守門獸后，玩家與女主角來到卡修族村內，此時的卡修族村正被大火吞噬，二人發現一個看起來并非卡修一族的白發黑衣少年，少年手上正拿著一個紅色的記錄卡，少年將艾米莉亞稱呼為“消失了的存在”，并且帶有強烈的殺意，正當少年向女主角發動攻擊時，美加及時出現救了她。隨后托尼奧和莉娜便趕到，發現跟隨在少年身邊的獸人眾好象是被洗腦的樣子，托尼奧和莉娜要還要繼續調查，就把卡修族的少年和昏迷的女主角帶回Little Wing的任務交給玩家。

　　回到據點后，克勞齊叫玩家到咖啡店商量，寒暄一陣后女主角就來叫玩家到移動室中，告訴玩家在與白發黑衣少年戰斗時總覺得那并不是自己的意志，女主角終于察覺到美加的存在，美加向女主角表明身份后，告訴女主角和自己是記憶共有的，女主角才記起玩家是為了救自己曾經死了的事實，因此而自責起來，為了不再連累玩家，女主角便向玩家請教戰斗的方法，于是便決定馬上跟玩家去Free Mission作訓練，到此第二章結束。

　　劇情對話結束后，系統開放行星莫多普的移動許可，并開放自由任務「修羅の谷」、「熱帶雨林の豬突獸」、「最兇の砂獸」和道具交換任務「砂漠惑星のオアシス」以及咖啡店的NPC委托任務。

　　完成了一個自由任務返回據點后，女主角叫出美加，商量為了阻止舊文明的人類抹殺計劃必須先阻止亞空間研究，因為亞空間移動會去到舊文明人所存在的「マガハラ」，但經過一番商量后都想不出方法，此時眾人便決定先找克勞齊商量。

　　第三章

　　造られた「希望」

　　ACT.1

　　戰斗區域：生物研究設施

　　對話選擇

　　上

　　そんなことはない

　　上

　　その通りだ

　　上

　　わかった

　　玩家與女主角來到Little Wing中，發現之前在卡修族一同進行調查的托尼奧和莉娜也在，原來二人在卡修族執行任務時遇見克勞齊，二人因為以前曾當過海盜所以沒有其他組織允許加入，而Little Wing的條件只有一個就是“實力”，于是二人便決定加入Little Wing。接收完托尼奧和莉娜的隊友卡片后，玩家和女主角便來到克勞齊的工作座位處，將事情的來龍去脈向克勞齊告知，但是克勞齊并不相信，要求二人連同托尼奧和莉娜去一起執行任務，于是二人便去到美容店找托尼奧。

　　本次任務是要來到帕爾姆行星中幫助インヘルト社研究中心將實驗中逃跑的新種原生生物アスクーク驅逐，眾人來到研究所中，艾米莉亞還在因為克勞齊不相信的事而煩惱，托尼奧為了鼓勵她，說出自己曾經作為G組織的教官保證她，艾米莉亞聽到G組織這個詞后忽然想起了某些被遺忘的記憶。莉娜將任務向玩家和女主角說明后便開始驅逐，本區域的怪物以電和火屬性為主，沿途會碰到新怪物ヮルムス，這種怪物在被擊破消失前會防出攻擊球作最后反擊，玩家要注意擊破這種怪物時不要對著它。這次任務中的所有門鎖開關都有限時，要注意先清理途中出現的怪物，否則會不夠時間趕過去。第二層的其中一個限時開關需要點技巧才能到達目的地，如圖示先去打開開關，然后到外面清理好所有怪物后，再次打開開關，趕去傳送點就可以到達被鎖的門口。

　　鎮壓完原生生物アスクーク后，設施警報突然響起，インヘルト的職員跑來向眾人求助，原來是設施內的機器暴走，眾人便決定將主領導機器レオル・ヴァリア的制御裝置破壞。(艾米莉亞流露出與平時不同的見解，建議眾人先將主領導機器的制御裝置破壞，在卡修族時也是，馬上就能辨識到卡修族的語言)由于亞空間發生裝置的就在這個研究設施的地下，所以研究人員都不希望放棄這個設施。

　　ACT.2

　　戰斗區域：亞空間研究設施

　　對話選擇

　　上

　　クラウチに怒られる

　　上

　　よくがんばったと思う

　　本區域的怪物基本以電和火為主，一路上都是些小雜兵，到第三層時會有幾臺大型機器，這種大型機器有兩種主要攻擊方式，一種是對著玩家連續掃射，另一種就是向玩家進行沖撞攻擊，這兩種攻擊前一種可以善用完美防御，完美防御后它就不會繼續掃射，沖撞只需要回避動作就可以躲掉。

　　★BOSS戰

　　★レオル・ヴァリア

　　BOSS的幾種攻擊模式

　　第一種完全不會中的是光線炮，這時候他的腳會小幅度動作，不過不怎么影響攻擊。

　　第二種跳起重壓，這個可以回避躲過。

　　第三種浮空腳上會放出藍色光圈追尾，這個時候只要跑上平臺就不會受到傷害了。

　　第四種旋轉追尾兵器，此攻擊分別會有兩次襲向玩家，玩家只需要格擋掉即可。

　　第五種地上隨機噴出藍色煙霧，這個攻擊因為有NPC在一般不會向玩家攻擊。

　　第六種對著玩家連續噴發藍色炮彈，這個攻擊如果第一下沒能擋掉，那么就很容易被連擊至死，所以如果吃了第一下攻擊必須快速吃藥補血。

　　第七種浮空移動在身體四周落石，此攻擊移動速度慢，跑路或者在它底下都不會受傷害。

　　戰斗后眾人遇見了インヘルト社的代表夏目(ナツメ•シユウ)，從夏目代表口中得知原來亞空間研究設施和レリクス一樣同為集合了舊文明遺產的地方，要移民到目的地亞空間實際上就是發現了舊文明的地方，而亞空間研究實際上就是舊文明技術的研究。 眾人跟夏目代表道別后回到據點，切爾茜向玩家和女主角傳話，克勞齊要見二人，來到Little Wing找克勞齊，他對女主角大加贊賞，女主角對此感到非常高興，到此第三章結束。

　　對話完畢后，系統開放行星帕爾姆的移動許可，并開放自由任務「エンドラムの殘黨」、「多腳兵器破壞指令」、「砂塵の機械兵士」、「狂う珍獸」和交換任務「機械惑星の秘密結社」以及美容店開放祈禱師小夜的柜臺。

　　完成一次自由任務后，切爾茜便跟女主角聯系，告知卡修一族的少年已蘇醒，于是玩家與女主角一起到Little Wing了解那位少年的情況，見面后少年馬上提高警戒，在女主角的關心下，少年解除了警戒，對話后得知少年名叫尤多，女主角覺得尤多昏迷了一段時間便提議自己請客帶尤多去咖啡店吃東西，尤多在進食時已和女主角熟落起來，女主角因為之前被克勞齊表揚，決定買禮物送給大家，正當眾人聊得興起時，Little Wing內部發生緊急事態，原來CLAD 6被不明武裝集團入侵，切爾茜決定將CLAD 6內的所有設施暫時關閉減少損害，但當女主角聽到槍聲時，便沖出咖啡店，剛好碰上持槍的入侵者，原來他們的目的是要襲擊女主角，烏魯蘇拉突然出現救了女主角，隨后克勞齊在外喝完酒也回來了，烏魯蘇拉苛責克勞齊沒有管好治安，此時女主角發現自己買的禮物不見了，其中要送給克勞齊的禮物被本人拾到了，被喝醉酒的克勞齊出言不遜給傷害了，女主角傷心地跑走。將尋找女主角的任務交給尤多后，玩家便按指示來到Little Wing找烏魯蘇拉，對話中了解到原來烏魯蘇拉才是Little Wing的統籌者并且是CLAD 6的艦長，而自稱是統籌者的克勞齊則是充當Little Wing的監督角色，因為擔心Little Wing的管理問題，烏魯蘇拉決定留下來。來到Little Wing門前發現尤多已經找回女主角，與尤多交換隊友卡片后，到控制室找女主角，此時她正在發泄怒氣，當女主角稍微冷靜點時，美加向二人說當時在襲擊者眼中看出異樣的視線，尤多也表示那種視線給人不好的感覺，原來尤多也能看見美加，尤多覺得美加跟他們族人侍奉的大地神十分相似，交談中得知卡修族一直按照舊文明人留下的記憶體侍奉著大地神，那個記憶體就是之前白發黑衣的少年搶走的東西，為了奪回記憶體，尤多要求眾人一起修行。

　　再完成一次莫多普行星的自由任務后，克勞齊告訴大家有新的委托工作，眾人來到Little Wing，這次任務是インヘルト社直接委任，成為亞空間發生研究的警衛，具體內容就是要在將裝置周邊的原生生物消滅，因為責任重大所以インヘルト社同時也會聘請同盟軍和G組織的成員，而Little Wing將會派遣玩家、女主角和尤多一起負責。

　　第四章

　　ハッピーバースデー

　　ACT.1

　　戰斗區域：亞空間實驗制御設施

　　對話選擇

　　上

　　行きます

　　上

　　わからない

　　上

　　ユートのお姉さんみたい

　　本次任務有時間限制，一路上敵人都以水和火屬性為主，途中有新怪物魔法師的出現，他的主要攻擊方式有兩種，一種是放冰魔法，特殊效果十分高，使用機器人種族的玩家要留意很容易被冰住，另一種是玩家近身攻擊的話，它就會沖撞玩家。沿路來到第二層，尤多會向玩家提示正確的道路，玩家只需要跟隨尤多的提示選擇就可以了。選擇正確后第三層就會直接進入守關怪物的地區，本次守關是一只中型火屬性怪物，此怪物主要有兩種攻擊方式，一種是近身回旋攻擊，另一種是遠程放出電擊，玩家稍作留意即可輕松擊倒。

　　擊倒怪物后，尤多在對談中獲知玩家曾經死過一次再復活，他逼切地想知道玩家是如何復活，女主角承諾在委托結束后將一切告訴尤多，于是眾人便繼續向亞空間實驗制御設施邁進。

　　ACT.2

　　戰斗區域：亞空間實驗制御設施

　　對話選擇

　　上

　　二人とも落ち著いて

　　上

　　一人では無理だ

　　剛進入亞空間實驗制御設施就碰到大量原生生物襲擊，正當眾人逃離時，突然有一位女性沖進來將所有原生生物擊倒，對話中得知這位女性是G組織的綜合調查部成員，名叫露米婭•韋伯，是來設施中救人的，是前作英雄伊桑•韋伯的妹妹，女主角對G組織莫名的討厭立即與露米婭發生爭執，二人爭持不下決定一同救人并守護制御設施。本關主要任務是守護制御裝置不要被怪物破壞，而本關怪物主要是以光屬性為主，在每個守護地點都設有時限性的屏障幫助玩家暫時阻擋怪物的前進，玩家要善用這些屏障。

　　★BOSS戰

　　★アルテラツゴウグ

　　本關BOSS是一條光暗屬性同體的雙頭白色巨龍，攻擊方式大致上跟草原的火龍差不多，甩尾、原地移動時身體帶攻擊判定，雙頭會同時放出光與暗屬性的攻擊，推薦使用遠程武器攻擊它的尾部。

　　即使驅逐了所有在設施內的怪物也不見有人逃出來，原來是研究設施的生物アルテラツゴウグ暴走了，女主角無法扔下露米婭逃走，于是便于她一起留下來將アルテラツゴウグ消滅，將怪物消滅后三人便回到Little Wing的社長室，原以為會被責罵的女主角驚訝地發現大家為她準備生日派對，到此第四章結束。

　　對話結束后，系統開放行星紐提斯的移動許可，并開放自由任務「流水の神殿」、「櫻華の法擊」、「兇飛獸討伐」和交換任務「星靈惑星の賽錢箱」。

　　完成一次自由任務后，女主角問美加為何會幫助他們時，美加說自己將格拉爾的人們當作是自己的兒子，女兒一樣當成家族看待，因為創造HUMAN正是美加。此時克勞齊讓大家到Little Wing集合。

　　第五章

　　時を越えた邂逅

　　在Little Wing觀看新聞得知，格拉爾各地發生神秘失蹤事件，而已被找到的失蹤者都有著不明原因的記憶喪失癥狀，原來之前襲擊女主角的入侵者也是失蹤者，他們醒后完全沒有入侵CLAD 6時的記憶，跟襲擊卡修族的人同樣的狀態，現在事態更嚴重，負責搜索失蹤者的工作人員也同樣失蹤了，這次委托的任務就是要把失蹤的工作人員找回來。

　　看完新聞后，艾米莉亞認為襲擊卡修族村和襲擊自己的應該都是那個白發黑衣的少年所為

　　ACT.1

　　戰斗區域：エルバルス雪山

　　對話選擇

　　上

　　よろしく頼む

　　上

　　すごい子だよ

　　上

　　そうかもしれない

　　三人來到雪山碰見同樣執行著任務的露米婭，露米婭要求同行，于是四人便開始搜索工作，本關以水、土、暗屬性的怪物為主，眾人對于這個區域居然出現被SEED感染的怪物覺得很奇怪，聽過艾米莉亞的分析后，露米婭對她的分析能力感到驚訝，結束對話后眾人繼續前進，進入設施后本次的守關怪物就會出現，守關怪物是個大型自律兵器，要留意它會經常向你投放大范圍轟炸彈，轟炸彈的威力大，很容易被連擊至死，玩家要只要留意炮彈的攻擊方向注意閃避就可以了。

　　ACT.2

　　戰斗區域：地下洞窖

　　對話選擇

　　上

　　夢なんかじゃない

　　下

　　一人では無理だ

　　打完守關怪物后，露米婭仍舊沒獲得G組織調查隊的信息，原來不單是Little Wing的工作人員失蹤了，連G組織的工作人員也失蹤了。于是眾人決定再往洞窖里的設施探究，剛進入洞窖便聽到有人的叫喊聲，眾人向聲音方向跑去，發現是Little Wing和G組織的工作人員，但是他們很驚慌，好象不分敵我一樣向眾人發動攻擊，并且將眾人看成SEED，眾人惟有在不傷害到工作人員的情況下將他們擊倒。本關的怪物以暗屬性為主，而任務條件就是將所有神志不清的工作人員擊倒，而本關有些墻壁是需要玩家將特別爆彈移動到需要爆炸的位置，移動方法就是向特別爆彈攻擊即可，要注意那些特別墻壁背后的隱藏房間是有工作人員在的，建議玩家全部清理掉。進入最后關卡，守關是一只叫SEED•アーガイソ的怪物，要擊倒他很容易，不過要先清理好它身邊的怪物，因為那些小兵會放出冰屬性魔法，容易將玩家凍結。

　　打完SEED•アーガイソ后，尤多突然感應到卡修族侍奉的大地神，于是便向感應的方向跑走，露米婭留下來處理善后，玩家和女主角便去追回尤多，趕上尤多后，發現他被白發黑衣的少年擊倒，失蹤事件、襲擊事件全部都是少年的作為，此時美加出現，少年稱呼美加為反叛者，二人各執一見，美加認為現在的格拉爾是屬于現在的人們，那是他們的努力結晶;而少年則認為這個時代的成就是建立在舊文明的遺產基礎上，舊文明人是萬物的創造主。一番爭吵后，少年便離開了，看來要阻止舊文明人的計劃就要阻止那個少年，但暫時大家都沒任何勝算，正當大家都在失望的時候，露米婭出現鼓勵大家。

　　回到Little Wing管轄區后，發現克勞齊一直擔心著大家不斷發送信息，但是因為磁場問題，在任務中的女主角并沒收到克勞齊的信息，三人立即到Little Wing中，雖然失蹤的社員已經找回來，但失蹤原因還是不明，艾米莉亞將事情詳細告訴給克勞齊和烏魯蘇拉后，眾人便討論起來，最近參加亞空間發生裝置研究的人有部分出現幻覺實體化的現象，估計在地下洞窖時SEED突然出現就是因為幻覺實體化了，但是由于沒有足夠的證據，暫時只能以逮捕黑衣少年為目標，到此第五章結束。

　　對話結束后，系統開追加自由任務「燃ゆる銀世界」、「冰雪の洞窟」、「最果ての實驗基地」和交換任務「樂園衛星の里酒場」。EXTRA任務「白き旅人」

　　第六章

　　夢の終わり

　　完成一次自由任務后，回到Little Wing剛好碰上新聞播放，インヘルト社的亞空間研究計劃因為之前發生眾多事故，贊助商紛紛脫離，于是インヘルト社展開緊急會議，而夏目代表的兒子西祖魯也會參加，屏幕中出現的人居然是引發一連串事件的元兇——白發黑衣少年，確信這一噩耗后，克勞齊答應與G組織共同調查，但是他要獨自一人調查，要露米婭先跟隨主角他們，讓四人進入VR模擬設施作實戰訓練。

　　ACT.1

　　戰斗區域：VRマシソ森

　　對話選擇

　　無

　　本關就是PSO經典作戰場地——森林，出現的怪物以水和土屬性的為主。出現的怪物也是PSO中的經典怪物，要注意的是本關所出現的障礙并不會傷到玩家，但只要玩家碰觸到就會被送回開始點，從第二層開始要注意一點，有時候系統會要求玩家在規定時間內獲得足夠的PT點數，否則會影響評價。

　　ACT.2

　　戰斗區域：VRマシソ洞

　　對話選擇

　　上

　　ルミアをたしなめる

　　上

　　エミリアの言う通りだ

　　本關同樣是PSO經典作戰場地——洞窟，出現的怪物以火為主，但同樣也會有水土雷的怪物。來到第三層需要注意的地方就是翼龍，雖然攻擊方式跟PSO時代差不多，但他的光線噴射變成火焰，而且射程和時間都要比以前長，玩家很容易因為中了這攻擊而死，所以要小心對付。

　　★BOSS戰

　　★ドラゴン

　　PSOEP1森林經典BOSS火龍，本作的火龍的攻擊方式與以前有很大分別，首先它會向玩家作正面沖擊，近身時會有旋轉范圍攻擊，還有甩尾攻擊，在它前面的時候他會用頭錘和噴火焰，原地動作時身上帶攻擊判定，鉆進地底時它所鉆的洞口會持續噴出拋物火球，玩家要時刻留意龍的動作，善用緊急回避。

　　結束實戰模擬訓練后，烏魯蘇拉說克勞齊有重要的說話跟玩家說，是關于艾米莉亞的。到了Little Wing后，克勞齊告訴玩家，經過調查后西祖魯消息不明的那段時間與失蹤事件在時間上勻合，也有目擊者證明制造失蹤事件的人就是他，根據目擊者們的證詞，他的目的就是要奪取舊文明遺產，而他的一連串行動最終目標就是艾米莉亞，所以克勞齊決定今后的任務都不需要再讓艾米莉亞去執行，就當克勞齊說出這句話時正好被艾米莉亞聽見，艾米莉亞以為大家不再需要她，傷心的跑走。到此第六章結束。

　　對話結束后，獲得露米婭的隊友卡片，系統開放自由任務「プラント奪還」、「灼熱の震角獸」和交換任務「砂漠地帶のオアシス」。

　　第七章

　　たいせつなもの

　　完成兩次自由任務后，回到Little Wing后克勞齊委托玩家要盡快搜索到艾米莉亞保護好她，此時玩家腦海中突然出現景象，原來艾米莉亞為了能讓大家認同，去了インヘルト社的機密地帶打算獨自一人去調查。回過神的玩家將所見到的影象告訴了大家，克勞齊了解到事情的嚴重性后命令大家分頭去找回艾米莉亞。

　　ACT.1

　　戰斗區域：インヘルト社設施

　　對話選擇

　　上

　　どういたしまして

　　上

　　ユートを信じる

　　上

　　人が足りない?

　　下

　　道はわかるのか?

　　到達インヘルト社的私有地后就遇到這次一同搜索的G組織綜合調查部成員——露和瑪雅。尤多感覺到美加的存在，于是眾人跟隨著他的感覺便開始搜索行動。本關的怪物分布前半部分是以炎和雷屬性為主，后半部分以安屬性的怪物為主，本關并沒什么難度，需要注意的地方就是陷阱很多，玩家要帶備槍類武器，開啟主視覺將陷阱擊破，以免防礙戰斗。

　　一路上尤多說這個地區給他的感覺跟上次在雪山的十分相似，來到インヘルト社施設后發現全是被SEED感染的生物，避免3年前的事件發生，于是現在首要任務先消滅SEED。

　　瑪雅說雖然看見的的確是SEED，但攻擊感覺卻象在空氣一樣沒實感，此時露感應到周圍有異常反應，眼前建筑突然變成3年前的最終戰場リュクロス，經過露的分析，大家眼前所見到的只是VR模擬虛象，并非實體場地，此時尤多再次感覺到很強烈的美加的氣息，要求大家到里面搜索。

　　ACT.2

　　戰斗區域：思念體リュクロス

　　對話選擇

　　上

　　たしかに聞こえた

　　下

　　集中

　　上

　　エミリア

　　下

　　迎えに來た

　　另一方面，克勞齊他們怎么也聯系不上玩家一行人，心急如焚的克勞齊拜托烏魯蘇拉暫時看管Little Wing后就獨自離開了。在リュクロス內，露感應不到有其他生體反應，估計在這個場所內只要他們四人，此時尤多和玩家都聽見了艾米莉亞的求助聲，眾人便決定繼續往里面搜索。

　　提示：本關怪物全部都是暗屬性，場地北面的主要通道被兩道紅色屏障給擋住去路，玩家先碰觸屏障讓露分析解決方法，碰觸后分別到東、南、西面踩開關，每踩一個開關需要一位同伴留下，三個開關同時踩下后再回到北面通道就可以過去了。到最里面后，發現失蹤的G組織成員象看到什么幻影一樣正在對什么都沒有的地方開槍，突然成員們看到的SEED幻影實體化，并向眾人襲來。本次守關怪物是會隨著玩家使用的武器屬性而變更自身屬性，要注意它變更后的屬性切換相對的武器。

　　擊倒守關怪物后，玩家集中精神感應到美加的求助聲，但是露和瑪雅不能對失蹤成員棄之不顧，讓玩家和尤多先行去搜索，在里面發現暈倒的艾米莉亞，經過玩家大聲叫她的名字后終于醒來，艾米莉亞醒來后四周的場景又變回インヘルト社施設，艾米莉亞并不相信玩家和尤多是來迎接她，于是又跑開了，正當艾米莉亞跑到設施外面被怪物襲擊的時候，克勞齊突然出現救了她，克勞齊將西祖魯想阻擊她的意圖告訴她后化解了艾米莉亞的誤會。

　　回到Little Wing，當艾米莉亞向大家道歉之后克勞齊便開始說明現在的情況，在インヘルト社私有地內發現失蹤者這見事引起很大轟動，G組織和同盟軍聯名要求インヘルト社對這一連串事件發表給個解釋，完全凍結亞空間計劃，并且強制性調查インヘルト社內，為此インヘルト社的事情暫告一段落，克勞齊讓大家先休假放松�？藙邶R允許艾米莉亞今后也跟大家一起戰斗，但條件是必須有隊友在身邊，不能獨自行事，艾米莉亞聽到后非常高興，克勞齊將保護艾米莉亞的工作就交給了玩家。在艾米莉亞感謝完玩家后，到此第七章結束。

　　對話結束后，系統追加自由任務「黑き星に巢くうモノ」、「星の傷痕」和交換任務「機械惑星の秘密結社」。

　　完成兩次自由任務后，烏魯蘇拉通知大家，インヘルト社的搜查行動終于開始了，讓玩家到Little Wing，G組織的人會來進行任務說明，說明的人原來是之前一起進行搜索的瑪雅，原來艾米莉亞和瑪雅早就相識，但艾米莉亞記不清楚，只是依稀認得瑪雅而已，從瑪雅口中得知二人是在調查リュクロス的研究室中認識的，自從艾米莉亞離開G組織后就再沒有聯絡了，聽到瑪雅的話后，艾米莉亞慢慢記起那段不愉快的記憶，接受不了事實的艾米莉亞飛奔出Little Wing，玩家跟著追去后，瑪雅便向克勞齊講述艾米莉亞的力量和悲傷的過去。在控制室找到艾米莉亞，她向玩家說明自己想起的記憶，原來她跟玩家一樣是靠美加的力量復活的，在3年前リュクロス的時候其實已經死了。

　　第八章

　　絕望への序曲

　　瑪雅告訴克勞齊，是G組織養育設施收留了父母雙亡的艾米莉亞，如果她只是一個普通的小孩，那么到適齡時期就會由別人收養，可是艾米莉亞并非普通的孩子，她的演算分析、記憶力都比當時的學者要高的天才，G組織的學者不放手這樣的她，任何人都想得到她的能力，于是便開始生體電腦「テソマ」的開發計劃，艾米莉亞本身也知道這個計劃真正目的，但還是為了大家而努力著，相信自己的能力能幫助到大家，「テソマ計劃」一直實行了六年，但始終沒什么進展，研究員將責任歸咎到艾米莉亞身上，但是艾米莉亞依然努力著研究，但是在她13歲的時候，也就是3年前SEED入侵リュクロス事件中，被怪物襲擊，當時艾米莉亞放聲求救，但G組織的人丟下一句“她只是個電腦演算部件”便舍棄了她，此時艾米莉亞終于知道，大家需要的并不是她，只是她的能力，無助的艾米莉亞就此被怪物殺死。正當艾米莉亞的意識快要消失時，美加便出現了，雖然她當時是在尋找HUMAN的肉體并奪取為己有，但美加對于搶奪他人的身體感到反感，但又不能丟下頻死的幼小女孩，于是她便進入艾米莉亞的體內幫她治療。悲傷過后，艾米莉亞收拾心情分析情況，她認為那個思念體リュクロス應該就是西祖魯的所為，只要調查思念體リュクロス就可以獲得西祖魯的情報。之后收到克勞齊的緊急召集命令，原來同盟軍的搜查部隊在進入インヘルト社的設施后便下落不明，這次任務艾米莉亞被米祖魯襲擊的可能性高，于是克勞齊也會同行。對話結束后分別獲得克勞齊和瑪雅的隊友卡片。

　　ACT.1

　　戰斗區域：ハピラオ禁止區

　　對話選擇

　　上

　　わかる

　　下

　　いい薬だ

　　上

　　大丈夫!?

　　上

　　強くなったな

　　本關主要目的是讓艾米莉亞進行亞空間發生裝置的調查，每找到一個瓦礫隱藏的裝置，就打開主視搜索開關，然后讓艾米莉亞測試演算，任務中不能讓艾米莉亞死，而在這關同伴指令會增設兩個，兩個指令分別是讓艾米莉亞等候和行動，善用這兩個指令一方面可以讓艾米莉亞避過危險，另一方面則可以讓她協助踩機關。提示：本關會出現很多陷阱，近身職業的玩家會很吃虧，進行任務前記得先預備好遠程武器。當艾米莉亞完成演算后，突然遇到兩只大型生物，尤多被其中一只捉了起來，正當他意識迷糊時想起了與大家一起的日子，不甘心就此死掉的他召喚出圣光幻獸攻擊，得以脫離怪物的魔爪。

　　★BOSS戰

　　★アジンゴウム・ギジンゴウム

　　本關BOSS為兩只土屬性大型怪物，它們的攻擊方式雖然看起來很搞笑，但也不能忽視，尤其要注意合體攻擊技，高速旋轉的同時放出強力火焰噴擊，當其中一只被打倒后，另一只的攻擊速度就會上升，不過他的攻擊方式很單調，使用遠程武器的玩家基本不會被它傷到。

　　ACT.2

　　戰斗區域：デネス•レリクス

　　對話選擇

　　上

　　あきらめるな

　　打倒BOSS后，艾米莉亞也完成了亞空間的預測演算，并發現失蹤的同盟軍士兵的行蹤，他們現在正處于自己的記憶實體化空間デネス•レリクス，于是眾人便決定進入這個根據記憶再現的VR空間デネス•レリクス。本關以電和光屬性的怪物為主，并且會出現很多守關級的強勁大型怪物，玩家要多加小心。提示：本關會有兩個地方需要踩機關開鎖，第一個機關踩點順序是綠、紅、藍、黃，第二個機關黃色踩點會有個柱子擋住，先呼出主視覺調查，然后將柱子擊破，接著就可以進行踩點，順序是綠、藍、黃、紅。

　　來到最后房間，發現西祖魯正在里面，他承認一連串事件都是他引起，失蹤的人并非被洗腦，而是被他把精神抽離肉體，為了展示他的力量，使用記憶實體化，瞬間便將亞空間從デネス•レリクス變成被SEED侵蝕的同盟軍司令部。

　　★BOSS戰

　　★マザー•ブレイソ

　　久違了的前作BOSS之一，攻擊方式少，玩家只需要留意住它的攻擊節奏捉住攻擊時機即可無傷過關。

　　打敗了BOSS后，亞空間消失，西祖魯發現艾米莉亞產生與他同樣的波動氣息，當西祖魯聽到“美加”這個名字后突然狂笑起來，美加出現告訴艾米莉亞，西祖魯其實是舊文明的統治者——太陽王カムハーン(卡姆哈)，卡姆哈說美加是反叛者，他的舊文明重建計劃快要完成，誘說她回到他的身邊，原來美加是卡姆哈的妻子太陽妃，美加不肯并且表示無論如何都要阻止他，此時インヘルト社代表夏目出現，看到自己的父親，被卡姆哈奪去肉體的西祖魯暫時恢復意識，央求父親為了格拉爾的未來將他殺死，因為他已經沒辦法再阻止卡姆哈了，原來卡姆哈還沒完全控制到這個身體。正當大家以為已無法阻止卡姆哈時，美加告訴大家，卡姆哈還沒有掌握最后的鑰匙，到此第八章結束。

　　對話后系統追加自由任務「踴る珍鳥」、「虹色の法獸」、「電腦の化身」和EXTRA任務「紅の戰鬼」以及交換任務「星靈惑星の賽錢箱」

　　完成一次自由任務后，烏魯蘇拉便要求玩家盡快趕到Little Wing，原來她要大家看緊急新聞報道，三行星中陸續發生多人不明假死現象，而且這個癥狀還迅速蔓延到各地區，而發生假死現象的人基本以之前的失蹤者為主，所以懷疑這次事件仍是西祖魯所為，夏目代表告訴大家這個癥狀是亞空間發生裝置引起的，在人的意識中制造一個小空間散播“死亡”的信息從而讓人產生假死幻覺，只要讓假死者產生到“生存”的意識，那么就可以解除假死現象。但是還有三個問題需要解決，第一個是產生現象的專用研究設施，但是Little Wing并沒有這樣的設施。

　　第九章

　　終わる銀河

　　此時露米婭和瑪雅出現，并向夏目代表提供G組織的研究設施;第二個問題就是要產生比假死者接收到的“死亡意識”更強烈的“生存意識”，這個問題克勞齊就交給尤多可以應付，之前尤多被怪物襲擊差點喪命時，曾經產生了強烈的生存意識，最后一個問題就是誰去進行亞空間發生裝置的演算調整，但是即使是帕爾姆的最高電腦運算也需要580天，正當眾人以為無法解決這個問題時，瑪雅提出一個可解決方法，就是使用格拉爾生體電腦「テソマ」，雖然對「テソマ」感到恐懼和害怕，為了一直守護自己的眾人，艾米莉亞認為這次要由自己來守護大家，于是決定啟動「テソマ」來進行運算。(于是大家便尾隨著瑪雅和夏目代表一起到G組織本部集合)啟動完「テソマ」后艾米莉亞需要休息，而克勞齊也有要事在身，玩家暫時沒有拍檔，烏魯蘇拉有個提議給玩家，叫玩家到咖啡店找她，原來烏魯蘇拉提議暫時讓她和切爾茜與玩家組成隊伍執行任務。對話后獲得烏魯蘇拉和切爾茜的隊友卡片。

　　ACT.1

　　戰斗區域：貨物用列車

　　對話選擇

　　無

　　玩家一行人進入インヘルト社的貨柜車內進行列車調查，，但觸動了電腦警報，系統作出防御措施，要舍棄車輛進行引爆。本關主要目的就是守護爆彈避免引爆，玩家要善用限時保護裝置，怪物以光和土屬性為主，守關怪物則是火屬性。

　　ACT.2

　　戰斗區域：亞空間研究設施、海底レリクス

　　對話選擇

　　下

　　指導が足りませんでした

　　上

　　何をばかな

　　來到列車頭，發現開車的人是克勞齊，原來烏魯蘇拉的目的是一邊追趕卡姆哈，一邊將載滿爆彈的列車去亞空間研究設施引爆，可是爆炸時間比預期的提早，逼不得已克勞齊才會停車。

　　本關前半部分到進入研究設施怪物以火和雷屬性為主，后半部分到達海底レリクス，怪物則以光和火屬性為主。一直到達海底レリクス最底層，終于追上了卡姆哈。

　　★BOSS

　　★戰人類形態的卡姆哈Ⅰ

　　本關BOSS攻擊方式只有一個，攻擊節奏也很慢，沒附帶屬性的攻擊，攻擊動作后會有一段時間硬值，趁空隙攻擊他即可。

　　擊倒卡姆哈后，他便全力襲向艾米莉亞，美加出現和他對峙起來，最終美加不敵，艾米莉亞當場暈倒，眾人只好決定先離開。當艾米莉亞醒來后發現美加已不在他體內，原來美加和卡姆哈所說的“最后的鑰匙”就是指美加自身，卡姆哈得到美加后已經完成好他的“理想”亞空間場所，要到達卡姆哈那里必須使用空間移動，眾人便決定利用CLAD 6進行空間飛躍到他那里。

　　第十章

　　Save This World

　　戰斗區域：天守閣

　　本章節3個ACT是連續性進行不能返回CLAD6補給，如果在執行其中一個ACT時死亡，那么返回據點后再進入故事任務時不需要重新從ACT1開始，直接進入剛才執行的ACT。

　　這關基本不會有什么劇情發生，因為身處亞空間的關系，進去天守閣玩家就會和CLAD6失去聯系，而目的地只有一個，就是天守閣頂層。本關因為要一口氣連續做完3個ACT，所以前期盡量多使用格擋和回避躲開攻擊，留著足夠的回復藥準備之后的三場BOSS戰，本關一路上都是些超強怪，而且暗屬性居多，例如PSO經典怪物死神、機忍和海牛，尤其是很容易被死神和海牛連擊致死。

　　ACT1.★BOSS前作最終BOSS(GE才會出現，NE不會出現)

　　ACT2.★BOSS戰人類形態的卡姆哈Ⅱ

　　本關BOSS雖然攻擊方式不多，但會放出兩個分身，雖然比第一次打的時候攻擊速度要快，不過與尤多相比則顯得有點慢，沒什么附帶屬性的攻擊，攻擊動作后會有一小段時間硬值，玩家趁此機會打他，不要貪刀，善用格擋將他的攻擊檔下來再等待攻擊時機即可。

　　ACT3.★最終BOSS 太陽王

　　太陽王分別有兩個形態，第一個形態是暗屬性，第二個形態是光屬性。

　　第一形態的攻擊方式

　　1. 円周攻擊

　　2. 追蹤劍

　　3. 炸彈攻擊

　　達到一定傷害后

　　1. 二連毒氣噴射

　　2. 毒氣球

　　3. 回轉天罰光束

　　4. 極大天罰光束

　　這一形態的BOSS其實很好打，上述攻擊方式基本上都能跑路躲掉，兩種天罰光束則需要看準時機做格擋防御。

　　第二形態有幾種攻擊方式

　　1. 面向玩家或NPC揮刀，此攻擊方式容易閃避，閃避成功后只要不是正面對著它，就可以盡情攻擊。

　　2. 追尾劍，尾隨玩家和NPC從下而突上的劍，只要跑路就可以躲掉。

　　3. 放出跟蹤浮游機雷，BOSS放出機雷后并不會馬上自爆，玩家只需要切換上中距離近身武器就可以將機雷打掉。

　　達到一定傷害后

　　4. 暗沼澤，當BOSS受到一定傷害后，就會開始暗沼澤攻擊，這個攻擊會持續一段時間連擊，如果來不及就會立即被連擊致死，當BOSS發動這個攻擊時，不要貪刀，立即躲到邊緣。

　　5. 重力球，BOSS藏到光紋下伸出雙手制造重力球，玩家只需要一直在邊緣做跑步動作就可以躲避這個攻擊。

　　6. 全屏天罰攻擊，當BOSS發動這個攻擊時，玩家馬上切換盾然后進行防御，受到第一下攻擊時立即吃HP回復藥就可以避免秒殺。

　　7. 到畫面邊沿連續放出彈幕，這一攻擊也很容易將玩家連擊致死，玩家要及時躲到地圖邊緣，切換盾防御掉幾下攻擊即可。注意，BOSS在放完彈幕后會返回地圖中央，此時它的身體帶有攻擊判定，不小心會被它沖撞到。

　　將卡姆哈消滅后，被他吸收進體內的美加也不能幸免。在消失前，美加向大家道謝，感謝一直跟她相處的女主角和玩家對待她象對待家族一樣，讓她感覺到很幸福。這一切事件都完結后，切爾茜辭去Little Wing的職務后，專心經營她的酒吧，尤多雖然返回卡修族村，但會經常來到Little Wing找艾米莉亞一起吃東西，而克勞齊則與烏魯蘇拉結婚，正式收養了艾米莉亞。經過這一戰役，格拉爾的人們又再一次靠自己雙手保護了這個星系。(NE)