Paxton Fettel帶領(lǐng)克隆超級士兵造反，占領(lǐng)了Armacham Technology Corporation（ATC）的總部，主角作為FEAR的新成員，與隊友，以及三角洲部隊合作，追捕Paxton Fettel。通過追捕過程中得到的各種信息，主角得知Paxton Fettel是Alma的第二個兒子，擁有強(qiáng)大的精神力量，是Origine計劃的一部分，而他要前往Origin計劃的廢棄實驗基地解救Alma。最后當(dāng)主角抓住Paxton Fettel時，Paxton Fettel。告訴主角他是Alma的第一個兒子、。主角最后殺了Paxton Fettel。但是Harlan Wade，Origin計劃的領(lǐng)導(dǎo)者，也是Alma的父親，對Alma受到的種種折磨感到內(nèi)疚，而釋放了Alma。主角不得不毀壞設(shè)施內(nèi)的反應(yīng)堆，炸毀整個實驗基地，以消滅Alma。當(dāng)主角被三角洲部隊的直升飛機(jī)救走時，Alma也出現(xiàn)在飛機(jī)上。在最后制作人名單播放時，有一段Genevieve Aristide（二代中主角要抓捕的ATC總裁）和一位議員的電話，電話中Genevieve Aristide表示Origin計劃還在控制中，原型體（主角）是一個成功。

從這里看似乎主角是故意被安插在fear組織，Paxton Fette的叛亂正好為Paxton Fettel提供了檢測主角的能力，只是二代中完全被沒有提到他，

2代

故事發(fā)生在一代大爆炸前30分鐘，一代主角在追捕Paxton Fettel過程找到的各類證據(jù)，都證明ATC總裁Genevieve Aristide有罪。二代主角Becket是三角洲部隊的成員，他和隊友前往Genevieve Aristide的住所，逮捕她。但是Genevieve Aristide的住所，正被ATC董事會雇傭的傭兵攻擊。當(dāng)主角找到Genevieve Aristide時，她對主角說起Harbinger計劃，并稱主角和他的隊友是對付Alma的唯一希望。當(dāng)她要詳細(xì)解釋時，一代主角引爆了反應(yīng)堆，產(chǎn)生了巨大的爆炸，而主角則被震暈。

主角蘇醒時，發(fā)現(xiàn)Genevieve Aristide指揮的幾個醫(yī)生正對他進(jìn)行手術(shù)。當(dāng)他完全醒來后，他發(fā)現(xiàn)他在一個地下醫(yī)院，而ATC董事會的雇傭兵正在準(zhǔn)備炸毀醫(yī)院，以毀尸滅跡。在逃往地面的過程中，主角遭到Alma的襲擊，而一個自稱Snake Fist的人，對他提供幫助，并告訴他因為手術(shù)，主角的精神力量大大增加，變得更加醒目，造成Alma要吸收主角。 逃到地面后，只剩下四人的隊伍，前往Snake Fist藏身的Wade小學(xué)。在小學(xué)中，主角發(fā)現(xiàn)這里是ATC “Paragon“計劃的實驗場所。同時主角還得知所謂的”Harbinger“計劃就是制造類似一代中Paxton Fettel的精神力量指揮官，以控制克隆士兵。而主角和另一幸存隊友Keegan是最有希望成功的。在地下實驗室，主角找到了實際上是ATC也就人員的Snake Fist。被克隆殺手殺死之前Snake Fist告訴主教，要戰(zhàn)勝Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加強(qiáng)器，加強(qiáng)主角的精神力量，戰(zhàn)勝Alma。

在趕往Still Island途中，Keegan獨(dú)自一人離開了，主角追了上去。但是因為克隆士兵的攻擊，而一直沒追到。最后主角與隊友會合后，與女上尉一起前往精神力量加強(qiáng)器。當(dāng)上尉要開啟加強(qiáng)器時，Genevieve Aristide出現(xiàn)，打死了上尉i，阻止加強(qiáng)器的運(yùn)行。她告訴主角因為Origin計劃的敗露，她對董事會已經(jīng)失去了利用價值。為了擁有與董事會談判的砝碼，她要囚禁Alma。以Alma作為談判籌碼。而方法就是將Alma關(guān)在這個加強(qiáng)器中，游戲開始時手術(shù)就是加強(qiáng)主角的精神力量，而Alma對精神力量極其敏感，這樣主角就成為了誘餌，將Alma引到Still Island。 這時Alma突然出現(xiàn)，Genevieve Aristide將Alma和主角一起關(guān)在了加強(qiáng)器里。

主角發(fā)現(xiàn)自己處在一個幻境之中，當(dāng)他要開啟加強(qiáng)器時，Keegan突然出現(xiàn)攻擊主角，同時叫嚷著為什么不是我？？ 最后主角擊敗了Keegan并啟動了加強(qiáng)器。這時主角發(fā)現(xiàn)自己退出了幻境并被封在加強(qiáng)器內(nèi)。突然加強(qiáng)器打開，主角發(fā)現(xiàn)Alam站在他面前，身后是一片廢墟。而且Alma懷孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角聽到了一個女聲叫喚”Mummy“

二代的結(jié)局留下可很多懸念。那孩子是不是Becket？？Alma為什么要吸收Becket？？為了Becket擁有的強(qiáng)大精神力量？？為了和Becket生個孩子？？為了找一個Paxton Fettel的替代者來控制克隆軍隊？？還有一代的主角到底則么樣了？？

ATC的各個計劃，下面的東西在最后一關(guān)的一個資料盤上。