Paxton Fettel帶領克隆超級士兵造反，占領了Armacham Technology Corporation（ATC）的總部，主角作為FEAR的新成員，與隊友，以及三角洲部隊合作，追捕Paxton Fettel。通過追捕過程中得到的各種信息，主角得知Paxton Fettel是Alma的第二個兒子，擁有強大的精神力量，是Origine計劃的一部分，而他要前往Origin計劃的廢棄實驗基地解救Alma。最后當主角抓住Paxton Fettel時，Paxton Fettel。告訴主角他是Alma的第一個兒子、。主角最后殺了Paxton Fettel。但是Harlan Wade，Origin計劃的領導者，也是Alma的父親，對Alma受到的種種折磨感到內疚，而釋放了Alma。主角不得不毀壞設施內的反應堆，炸毀整個實驗基地，以消滅Alma。當主角被三角洲部隊的直升飛機救走時，Alma也出現在飛機上。在最后制作人名單播放時，有一段Genevieve Aristide（二代中主角要抓捕的ATC總裁）和一位議員的電話，電話中Genevieve Aristide表示Origin計劃還在控制中，原型體（主角）是一個成功。

從這里看似乎主角是故意被安插在fear組織，Paxton Fette的叛亂正好為Paxton Fettel提供了檢測主角的能力，只是二代中完全被沒有提到他，

2代

故事發生在一代大爆炸前30分鐘，一代主角在追捕Paxton Fettel過程找到的各類證據，都證明ATC總裁Genevieve Aristide有罪。二代主角Becket是三角洲部隊的成員，他和隊友前往Genevieve Aristide的住所，逮捕她。但是Genevieve Aristide的住所，正被ATC董事會雇傭的傭兵攻擊。當主角找到Genevieve Aristide時，她對主角說起Harbinger計劃，并稱主角和他的隊友是對付Alma的唯一希望。當她要詳細解釋時，一代主角引爆了反應堆，產生了巨大的爆炸，而主角則被震暈。

主角蘇醒時，發現Genevieve Aristide指揮的幾個醫生正對他進行手術。當他完全醒來后，他發現他在一個地下醫院，而ATC董事會的雇傭兵正在準備炸毀醫院，以毀尸滅跡。在逃往地面的過程中，主角遭到Alma的襲擊，而一個自稱Snake Fist的人，對他提供幫助，并告訴他因為手術，主角的精神力量大大增加，變得更加醒目，造成Alma要吸收主角。 逃到地面后，只剩下四人的隊伍，前往Snake Fist藏身的Wade小學。在小學中，主角發現這里是ATC “Paragon“計劃的實驗場所。同時主角還得知所謂的”Harbinger“計劃就是制造類似一代中Paxton Fettel的精神力量指揮官，以控制克隆士兵。而主角和另一幸存隊友Keegan是最有希望成功的。在地下實驗室，主角找到了實際上是ATC也就人員的Snake Fist。被克隆殺手殺死之前Snake Fist告訴主教，要戰勝Alma，就需要Still Island上（一代中囚禁Alma的地方）的精神力量加強器，加強主角的精神力量，戰勝Alma。

在趕往Still Island途中，Keegan獨自一人離開了，主角追了上去。但是因為克隆士兵的攻擊，而一直沒追到。最后主角與隊友會合后，與女上尉一起前往精神力量加強器。當上尉要開啟加強器時，Genevieve Aristide出現，打死了上尉i，阻止加強器的運行。她告訴主角因為Origin計劃的敗露，她對董事會已經失去了利用價值。為了擁有與董事會談判的砝碼，她要囚禁Alma。以Alma作為談判籌碼。而方法就是將Alma關在這個加強器中，游戲開始時手術就是加強主角的精神力量，而Alma對精神力量極其敏感，這樣主角就成為了誘餌，將Alma引到Still Island。 這時Alma突然出現，Genevieve Aristide將Alma和主角一起關在了加強器里。

主角發現自己處在一個幻境之中，當他要開啟加強器時，Keegan突然出現攻擊主角，同時叫嚷著為什么不是我？？ 最后主角擊敗了Keegan并啟動了加強器。這時主角發現自己退出了幻境并被封在加強器內。突然加強器打開，主角發現Alam站在他面前，身后是一片廢墟。而且Alma懷孕了。Alma走向主角，把他的手放在肚子上，主角聽到了一個女聲叫喚”Mummy“

二代的結局留下可很多懸念。那孩子是不是Becket？？Alma為什么要吸收Becket？？為了Becket擁有的強大精神力量？？為了和Becket生個孩子？？為了找一個Paxton Fettel的替代者來控制克隆軍隊？？還有一代的主角到底則么樣了？？

ATC的各個計劃，下面的東西在最后一關的一個資料盤上。

Icarus 計劃

ATC在1973展開的關于微重力下人體狀況的生物工程方面的研究。這個計劃因為Perseus計劃而取消。現在這個計劃所剩下的不過是幾個擁有快速反應和強大力量的超級士兵原型體。

Origin計劃

這個計劃原本是通過Alma的DNA來制造原型體，但是Harlan Wade認為精神力量未必就是完全基因方面的。所以他使Alma懷孕，產下了兩個原型體。而Alma則一直處在人造昏迷狀態。

Alma產下的第一個原型體（主角），起初被認為是失敗。過一段時間后，Alma再次懷孕并產下了第二個原型體（Paxton Fettel）。在Paxton Fettel十歲時，Alma和他擁有了精神聯系，這個造成了Paxton Fettel爆走，并殺死了數名研究人員。這個事件時Origin計劃被終止，研究基地被封閉，Alma的生命維持機也被暫停。Harlan Wade聲稱Alma在這之后六天，死去了。

一代游戲開始前，Genevieve Aristide再次啟動Origin計劃，她派出人員進入研究基地，并打開了封存Alma的封閉倉，這使得Alma的精神力量散播出去，并和Paxton Fettel再次發生精神聯系，這次聯系，造成了Paxton Fettel的反叛，也就是一代游戲的開始。

Perseus計劃

這個計劃包括了Origin計劃中出生的Paxton Fettel。 Paxton Fettelzu作為指揮官，用他的精神力量來控制克隆部隊，這支部隊最后因為Alma的復蘇而造反，游戲中的大多數敵人都是他們。

Harbinger計劃

這時Origin 計劃的后繼者，目的是制造更多，更可靠的精神力量指揮官，二代主角和他的數位隊友都是這個計劃的選中者。在二代里的醫院就是這個計劃的實驗基地，主角遇到了很多失敗的實驗品。

Paragon計劃

這是一個長期的研究計劃，目的是在Wade小學學生中尋找擁有精神力量天賦的小孩，將他們發展成精神力量的使用者。在小學的地下實驗室內研究人員對學生進行暗示, 藥物,甚至秘密手術，以激發他們的能力。Alma曾經也是這里的學生，因為她擁有的強大力量和不穩定性而被轉移。

終于寫完了，參考了Wiki上的資料，希望對大家有所幫助.