游戲開始。如果你購買了超新星擴展包的話，出門去其他星系轉幾圈就可以觸發新劇情了。

　　主角的科學家女友Carla喊主角回Thynome吃飯。

　　但像主角這種風一樣的男子自然不能忍受被束縛在同一個地方，所以主角匆匆逃離了Thynome

　　畫面一轉，位于Mido領地的超新星發生了爆發，礦物商人Gunant Breh（原版劇情開始救了主角一命的）的兒子被困在了那里。Gunant Breh請主角前去營救。

　　出發前請準備好至少10艙室（購買并裝備一個大型乘客客艙就好）

　　主角前往新星系Valpatro。此時超新星處于極不穩定的狀態，飛船無時無刻都會受到伽馬射線的影響，當第三條伽馬射線的護盾減為零時，游戲會立刻失敗。所以一定要抓緊時間。

　　前去貨船營救Gunant Breh的兒子。停靠在貨船上的方法與進入空間站的方法相同，既可以用左邊的自動導航按鈕，也可以人工鎖定后按下射擊鍵。

　　這時，本擴展包中的主要敵人“隱形戰機”登場。隱形戰機自帶了Utool隱身器，你的掃描器會間歇性地對其失效。所以像sunfire這種跟蹤式武器可能會有些吃力。

　　配合隱身器和炮塔將乘客轉移到另一艘安全的貨船上，并消滅敵人。

　　Gunant Breh感謝主角救出了他的兒子。主角表示要繼續幫助Mido人轉移難民。

　　雖然手動炮塔在原版中很雞肋，但在本擴展包內的營救/滲入任務里還是很實用的。

　　會見這次Mido疏散工作的負責人，他送給主角伽馬射線護盾，并建議主角購買上面的手動炮塔。

　　主角繼續前往下一個難民疏散點。

　　出發前請多準備些艙室（雖然右上角顯示一共八十多個難民，但Mido自己的運輸機也在同時轉移，所以主角實際轉移的難民肯定是少于這個數字的）建議裝載至少30艙室，這樣兩次左右就能完全轉移所有難民。

　　這時隱形戰機又出來搗亂，配合隱身器與手動炮塔保護自己并完成運輸任務。（優先考慮轉移難民，并注意伽馬護盾的剩余值）

　　主角決定回到人族領土，去找人族艦隊里的老朋友Snocom商量一下對策

　　畫面一轉，Moonsprocket教授回到了Thynome，這次超新星的解決可是全靠他的發現

　　來到人族領地，Snocom表示會盡力幫助Mido人，并建議主角去找Nivelian的領導人Trunt Harval談談。（Nivelian人和Mido人是敵對的，但這次活動中Nivelian答應幫助Mido人疏散）

　　于是主角來到Nelsa星系的Genoh，但此刻太空站正受到太空海盜的襲擊。

　　（P.S.在此星系中，可以買到浴火銀河一代的復刻機獅鷲）

　　主角幫太空站擊退了太空海盜，但N族領導人已經轉移到了Pareah星系

　　來到Pareah星系，Trunt Harval對主角在隱形戰機的攻擊下竟然還能存活表示十分吃驚，寒暄幾句后匆匆離去。

　　在超新星擴展包中，魔魚為部分行星設計了3D行星帶，以增加視覺效果。如圖

　　回到人族領土，Snocom交給主角一個護航任務。此刻，太空站開始出售修復光束，玩家可以用此光束來給身邊的僚機和盟友補充生命。

　　來到Mido領土，玩家要一邊擊退隱形戰機，一邊用修復光束為運輸機護航。

　　這時，人族空間站就會開始出售游戲中護甲最強的飛船“犀牛”，可以說是原版中運輸船Cormorant的完全加強版。

　　完成任務后，我們的主角被老婆召喚回了Thynome

　　我們的老朋友Khador研究出了超新星現象的解決方案，希望主角助他一臂之力。

　　主角獲得了一張加強版伽馬護盾的藍圖，完成藍圖后再回到Thynome

　　主角帶Khador前往超新星，沿路解決多組隱形戰機后投放了“解決方案”

　　可惜事與愿違，Khador失敗了。Carla建議主角去找Moonsprocket教授。