第三章

　　HIVE掃討作戰

　　這次伊桑的好友前作的冰河(ヒューガ)與玩家一起執行第一個正式任務，但萊婭對于這個要簽約保密書執行的任務頗為不滿，身為守護者但得不到上頭信任的她認為這樣有損她的驕傲。多虧之后趕到的卡滋(カーツ，同是前作人物，身為機器人的他原本很蔑視其他種族，之后在伊桑的影響下漸漸改變，是同盟軍中與守護者交情很好的一位)的勸說，萊婭勉強的簽了自己的名字。之后的作戰說明眾人得知這次的任務是同盟軍提出的，由守護者們協助去討伐HIVE，冰河一行在聽到還存在HIVE時感到十分的詫異，原來HIVE是那些小行星的代號，前作最后消滅的只不過是被SEED所侵蝕的小行星的一個而已，為了不讓民眾受到驚恐，所以才施行絕對保密政策。這次身為守護者的我們的主要任務是侵入HIVE進行內部破壞，為此出動了大量的守護者，萊婭一行也是其中之一。

　　ACT1

　　1號鎖需要兩把鑰匙，注意有些敵人必須要擊破箱子后才出現。這里的魔法系大型怪物非常難纏，HP多不說，魔法極其強勁，還會瞬移，給玩家們造成不少麻煩，推薦用浮空技來對付，不要讓它有出手的機會。

　　第2個場景需要四把鑰匙來開鎖，有三把分散在箱子里(ゴーゲル掃一下就知道哪個箱子是有鑰匙的了)，地圖較大，沒辦法 ，只能多跑跑了。全滅敵人后入手最后一個。之后發生劇情，守護者的先行部隊死傷慘重，連雷歐(レオ)也受了重傷，冰河為了照看雷歐離隊。

　　ACT2

　　這里有個小迷題，5個機關必須要一起打開才能過關，但每個機關只能支撐一分鐘，之后會自動關閉。先把迷宮走一遍 ，怪物清光，了解下所有機關的所在位置，有一個機關所處的房間要踩燈才能打開，需要注意。這里要利用萊婭來穩住一個機關，這樣玩家只需要自己抓緊時間去開其他四個就可以了，不過不是讓萊婭站哪個機關前都可以的，必須讓她站第2個機關處才能順利完成，因為機關1到機關2和機關2到機關3的跑動距離是相鄰機關中最長的，把萊婭放第2個機關處就能避免這兩段冤枉路所需要的時間了。

　　之后重傷的兩位守護者居然SEED化了，發生戰斗。

　　接著和卡滋失去聯系，感到中央制御室后BOSS戰BOSS依然是前作的ダルケ.ファキス沒什么變化，把玩家吹飛的霧依然很討厭，要抓緊攻擊其主體。BOSS的攻擊都沒什么威脅，而且沒有第2形態，沒必要留一手了。

　　結束后眾人對這次任務產生了不少疑惑，到底這個任務是同盟軍的要求還是GRM研究社方面提出的，以及和之前的巖礦發現的SEED實驗場相似的機器和聯系，神秘機構伊爾米那斯，眾人還是一頭霧水。

　　卡滋名片入手

　　開放任務：

　　雙頭の守護獸

　　暗黑の衛星

　　第四章

　　陰謀の影

　　回到衛星的眾人還來不及歇息，居然因為可能被SEED感染而收到了醫療室的強制檢查(如果玩家選的是機器人，則不用接受這一優惠活動)。萬幸的是我們還算健康，只有冰河被勒令2次檢查，看來這和他前作在HIVE內發生的某些事件有關。心情還沒平靜下來的萊婭不久就被老同學瑪雅(マヤ)給騙過去了，不過這難得的老友重逢立刻就被轟鳴的警報聲給破壞了，原來殖民星內用做實驗的原生生物突然全部逃了出來。這下又有的忙了

　　ACT1

　　有了瑪雅這樣的FO加入，戰斗自然輕松多了(雖然本來就不難)，關卡沒什么難度，依然是湊鑰匙的老套路

　　稍做補給后，得知控制室居然做出丟棄部分設施來控制局勢的決定，托尼奧(トニオ)和雷歐負責去阻止這愚蠢的計劃，而我們就是負責盡可能在剩余時間內救更多的人

　　ACT2

　　這次要在15分內救援6人，時間很吃緊，和怪物的戰斗要速戰速決。至于救援，靠近傷者會有音效提示，再用ゴーゲル查看附近的廢墟堆，再用打擊系武器破壞就可以了(這里FO和RA一定要配把單手劍)

　　接著瑪雅和尼維(ネーヴ)老師去負責尋找失蹤的守護者總裁奧貝魯·達爾剛(オーベル·ダルガン)，而我們繼續凈化被污染的生物第2個場景只要全滅原生生物就可以了之后總裁奧貝魯·達爾剛突然出現，原來萊婭是奧貝魯·達爾剛的養女。

　　瑪雅名片入手

　　開放任務：

　　エンドラムの殘