在一個帖子上發現的，把整個過程整理了一下，有不少高手應該都已經知道了的，為了方便大家共享，我把它貼出來了，技術性很低，份量很小，是錦上添花的作用，另外，謝謝bluefrank88 朋友的翻譯補充。
修改秘密協議需要修改兩個文件：playertechs.xml和PlayerTechStoreTemplates.xml
同以前一樣，復制到你的mod的data目錄里，去掉只讀屬性。
playertechs.xml關系的是秘密協議的科技附屬等級（不是游戲畫面中的等級排列）

<PlayerTech
                id="PlayerTech_Allied_PrecisionStrike"
                TechPointsRequired="1">
                <TechDependency>PlayerTech_Allied_AirPower</TechDependency>
                <TechDependency>PlayerTech_Generic_Rank_1</TechDependency>
        </PlayerTech>
上面是盟軍的精確打擊在playertechs.xml里的內容。

<TechDependency>PlayerTech_Allied_AirPower</TechDependency> 表示這個協議解鎖的前置協議是PlayerTech_Allied_AirPower空中力量強化。（修改這個可以改變協議之間的附屬性）
<TechDependency>PlayerTech_Generic_Rank_2</TechDependency>   這個就是該協議的科技附屬等級，PlayerTech_Generic_Rank_2表示其是等級2的協議，要升級一級前置協議(就是盟軍的空中強化) 后，才能升級。

視覺上的等級變化則要修改PlayerTechStoreTemplates.xml
<PlayerTechStoreTemplate
                id="PlayerTechStore_Allied"
                Faction="Allies">
                <Row>
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_AirPower</Button>空中力量強化
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_SatelliteSweep</Button>衛星掃描
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_HighTechnology</Button>高科技
                </Row>
                <Row>
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_PrecisionStrike</Button>精確打擊
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_ChronoRift_Rank1</Button>超時空裂縫
                        <Button>Purchase_PlayerTech_Allied_ChronoSwap</Button>超時空交換
                </Row>
這是盟軍的秘密協議內容的一部分，第一個<Row>到</Row>之間的就是視覺上秘密協議第一層的三個協議，下面的，通理是第二層，交換<Button>。。。。。。</Button>的位置就可以改變其視覺位置。
對了，不要忘了把這兩個文件文件include到mod.xml里

以上就是秘密協議的位置和等級附屬修改辦法，希望對大家作MOD有用。