2023年，紐約突如其來的爆發了一場瘟疫，crynet組織否認這是由生化武器泄漏所致，但是前生化工程師內森·古爾德博士（Dr.nathan gould）證實城區研究所泄漏了生化病毒，揭露了真相，就此引發了人們的恐慌，與此同時，瘟疫迅速傳播，軍方開始插手此事。

　　序章：深海in at the deep end

　　地點：紐約胡迪森河（hudson river,NY）

　　時間：2023年8月23日凌晨5點13分

　　阿卡特茲（alcatraz）是玩家所扮演的主角，他和奧米加一號搜救組其他隊員乘坐鸚鵡螺號潛艇（uss nautilus）前往紐約，任務目標是營救內森·古爾德博士，正接近目的地時，潛艇被不明物體擊中，船殼裂開，海水涌入了船艙，阿卡特茲從睡夢中醒來，按提示蹲下穿過船艙的低矮處，配合隊友打開艙門，在水中潛行一段后浮上水面，正觀望自由女神像時遭到外星人空中部隊突擊，隊友大多被擊斃，這時對面忽然出現一名納米兵，手持機槍擊落了飛機，將阿卡特茲拉上岸來。

　　第一關：第二次生命second chance

　　地點：紐約炮臺公園A碼頭（pier a,battery park,NY）

　　時間：8月23日早晨6點37分

　　阿卡特茲從昏迷中依稀回憶起那名納米兵說他名叫普若非（prophet），已遭到病毒感染，無法存活，故取下納米服穿在了阿卡特茲的身上，囑咐他幫助自己完成任務，找到古爾德然后舉槍自殺。

　　醒來以后，在普若非的尸體旁拿到一支m12 nova手槍（20發彈夾），但里面沒有子彈，身旁的桌子上有一塊狗牌，拿走以后用拳砸開大門的鐵鎖，里面的籠子里放滿了人類尸體，穿過走廊，從卷簾門下走過以后登上對面的樓梯，上樓后走到一處地板凹陷的地方，按住空格鍵直接跳過，打開對面的大門，在樓頂的破口處按住空格鍵，阿卡特茲會自動抓住破口的邊緣攀上三樓，出門后按指示觀察樓下的敵情，然后從扶欄邊下樓，在彈藥箱邊補充彈藥，拿到scar-ab這種自動步槍（40發彈夾）后干掉兩個敵兵，交火時對方會及時隱蔽，并拋擲手雷。解決后穿過開闊地，來到對面的大門口，這里是第一個存盤點。

　　進房后開始隱身，消滅房間里的那名敵兵及外面院子里的兩名敵兵，越過障礙穿過院子，跳到對面的房頂，下面很快會駛來一輛吉普，出來三名士兵，其中一人著黑色制服，擊斃后下樓，按小地圖上的任務指示往西南面走，不久在一幢咖啡色的小屋旁遇到近十名敵兵，對方會從兩翼迂回，注意不要被其包圍，消滅后來到南面的倉庫入口操作門鎖，開啟后往西北面走，穿過鐵架，消滅另外兩名敵兵后進入黃色的生化帳篷，打開門鎖后來到第二個存盤點。

　　等到前面的大門打開后，穿過走廊，干掉另一個房間的兩個步兵，在另一個目標地點操作筆記本后房間停電，走到前面的大門前費力掰開大門，外面就是荒涼一片的紐約市街頭，到處是廢棄的車輛和空無一人的大樓。

　　按照古爾德的指引一路往南，然后拐入一個商店，來到第三個存盤點，繞過商店后來到后面的圍墻邊，從垃圾箱上一直跳到房頂，開啟裝甲模式消滅那里的幾名步兵，把m12手槍換成feline這種無托步槍（60發彈夾），登上另一面的房頂后來到第四個存盤點，下面駐扎著不少敵兵，相互構成交叉火力，彼此跑動靈活，還可以躲在障礙后面盲射，feline這種步槍射速很快，殺傷力也不錯，注意使用點射壓制敵人。全殲后進入對面的小巷，轉彎后繼續往南，殺入前面的地鐵入口，舉起大門后是第五個存盤點。

　　隨后在地鐵的洗手間里開始遇到外星蟲子，打開第二道大門后一名敵兵被大量蟲子撕咬，快速消滅這里的蟲子后從破口處跳到第二層樓，登上樓梯后第一關結束。