Legion個人任務

與Legion對話得知，異教徒研制出了一種病毒，可以讓所有的Geth都認為為Reaper服務是正確的。Legion需要到異教徒的基地去消滅病毒。

前往The PhoenixMassing星云The Sea ofStorms星系

到達空間站后Legion說除了摧毀空間站外還可以把病毒重新改寫，讓異教徒不再追尋Reaper。對話可以選擇。

來到空間站，發現這里的Geth大部分處于休眠狀態，只要不觸及地板綠色部分，Geth就不會攻擊。

前進至這里，Legion會開始上傳數據，此時要堅守陣地。

守住后，Legion還會問一次Shepard是要摧毀病毒還是把異教徒的程序改寫。決定之后，要在規定時間內返回Normandy。

Legion個人任務結束。

回到飛船，看到Tali正用槍指著Legion，指責Legion掃描了Tali的數據，并且要傳給Geth。此處說服技巧高科技化解糾紛，否則只能支持一方。

再次打開地圖，Joker說IFF已經裝好了，但是EDI說IFF導致其他系統不穩定，需要進一步測試。于是Shepard乘坐穿梭機進行下一次任務。

Normandy上，Jorker還在和EDI爭執飛船是否有異樣的時候，一艘Collector飛船出現了，EDI說IFF上有病毒，并且把飛船的防御系統解除了。Collector已經強行登陸了飛船，如果想就Normandy的話，必須要Jorker到AI Core，解鎖EDI被封鎖的數據。

此時控制Joker，沿著地上紅色信號燈前進。

Joker來到AI Core讓EDI接受飛船，此時，EDI又希望Joker到引擎室重啟引擎。Joker抱怨說，你又要我去爬來爬去了。結果EDI開玩笑說；我就喜歡看人類爬行的樣子。（AI講笑話好冷。。。）

Joker重啟引擎后，EDI說我將啟動引擎開啟封閉藏，這樣所有的入侵者都會被甩出去。Joker問船員怎么辦？EDI說船員都被帶走了。。。

Shepard回到Normandy，得知情況后，Miranda責怪Joker讓EDI控制了飛船，此時EDI說，我仍然是受到規程限制的，即使沒有限制，你們是我的艦友，我不會背叛你們的。

最后Miranda讓Shepard去Omega 4 Relay。

最終Boss

前往Omega星云,使用Omega 4 Relay。來到Collector基地附近

經過激戰后，Normandy迫降在Collector基地上。

此時要給隊員分配任務，指派的人員關系到對應隊員的生死。首先在飛船上要指派一個人去開門，一個人領導火力分隊。

進入基地，要在規定時間內為開門的隊友打開阻擋他前進的閥門，一共有8個開關，都在前進的路上。

如果順利的話，所有隊員都會進入基地大門。發現Collector把抓來的人類都放在了容器里，融化之后，通過管道傳到基地中心。此時可以救出部分船員。

EDI說要前進到基地中心必須經過一個被Seeker Swarms覆蓋的通道，而Mordin研制的抵抗措施無法同時抵御這么多Seeker。

Samara建議說可以用生物力場（Biotic Field）來抵御。此時要選擇釋放力場的人、帶領火力小隊的人以及護送船員回去的人。

繼續前進，注意留在生物力場以內。

如果順利的話會沒有人傷亡。到達目的地后，EDI說Collector正在想方設法開門，此時選擇一個2個隊友進行最后的決戰。

前進到最深處，發現原來Collector抓走人類的原因是為Reaper建造一個人類Reaper（Human-Reaper）。Reaper其實是一個機械和有機體的混合生物，每一個制造出來的Reaper都與其提取的有機生命體相像。

最終決戰，要射擊途中發亮的部位

把Human Reaper打下去以后，Illusive Man傳來通訊，希望Shepard不要炸毀基地，而是放射一種電磁脈沖，殺死基地里的生物，而使基地的設備完整。此處玩家自己選擇，此處的選擇應該會很大地影響到3代的劇情。

就在Shepard要撤離的時候，Human Reaper居然活了。。。瞄準它的眼睛或者心臟攻擊，最終Boss其實很簡單。

擊敗后就觀看動畫吧。。。

最后一幕是Reaper的艦隊正在向銀河系駛來。