游戲的主角陳靖仇，隨師傅陳輔至伏魔山尋找昆侖鏡時，不慎放出上古魔獸“饕餮”，陳輔將自己與其一同冰封于洞中，命陳靖仇到雷夏澤尋找公山師伯前來搭救。在經過月河村時，遇到了為救弟弟而自愿當作祭品的白發女孩于小雪，陳靖仇出于正義，救下小雪，但月河村民被憤怒的鮫精全部殺死。村中殘余的老少一齊趕走二人，靖仇便與小雪一同展開旅程。陳靖仇找到公山師伯，卻得知其已被宇文拓打成重傷，于是陳靖仇決定尋找上古神器神農鼎煉藥，醫治師伯。

兩人行經黑山鎮，救下了被妖魔官兵擊倒的拓拔玉兒，但玉兒卻認為兩人與隋軍乃是一伙。此時張烈出現，款待兩人以示報答。原來神農鼎原是鮮卑族圣物，現卻已被宇文拓搶走。拓拔玉兒偷聽到張烈搜集回的情報，得之神農鼎在龍舟上，決定冒險搶回神農鼎。眾人潛入龍舟上，并得知神農鼎其實是贗品。后來玉兒行刺隋煬帝未果，被陳靖仇救下跳海逃生。靖仇、小雪與玉兒一同進入山寨奪鼎，不料卻被變身成宇文拓的獨孤寧珂帶走。三人為了調查鼎的下落而到了泰山，此時宇文拓的部隊在山頂發動“萬靈血陣”，將一座有六萬人口的城市完全摧毀。后來三人在河邊的小船上遇見獨孤寧珂，并拿回了神農鼎。

陳靖仇煉好了藥，公山師伯卻已病故，于是三人聽從師伯的建議前往海上求仙。海上航行時，被受驚的鯨魚神獸“巨海”吞入，誤闖了“氐人族”領地。在氐人族女王的求助下，三人幫忙除去了不斷吞食氐人族的黑龍王，但拓跋玉兒卻中了黑龍王的計謀，取下崆峒印，破壞了氐人族青春不老的結界。玉兒在極度愧疚下揮刀毀容，以致生命垂危，于是氐人女王帶三人前往仙山島。在仙山島山路中，拓跋玉兒突然發高燒，即使服用了神農鼎煉化的藥也未見起色，小雪為救伙伴毅然割臂獻肉終于令玉兒退燒。好不容易在對弈亭找到仙人，仙人卻不予理會。陳靖仇和小雪苦苦肯求，仙人終被三人的友誼所感動。隔日仙人命陳靖仇與小雪去取血露蟠桃，不料在取得血露蟠桃時，刑天突然出現，兩人不敵，刑天說必斬下一人手臂。兩人爭著砍自己手臂，此時御劍老仙人出現，原來這只是一個給摘桃者設下的考驗。終于，并由古月仙人醫好了玉兒，一行人來到伏魔山，救出了陳輔。

三人與陳輔離開仙界，途中遵照白鹿精指示來到長沙，再度遇到獨孤寧珂，并毅然決定支持三人阻止宇文拓。經過一連串爭奪后，因為宇文拓挾持了陳輔為人質，陳靖仇只好而交出了自己擁有的所有神器。后來宇文拓獨自去敦煌拿伏羲琴而將鼎、印、石三樣神器放到皇家寶庫，眾人終于在與寧珂郡主里應外合下將神器全部盜出。于此同時小雪也因連日的劇烈頭疼而病倒。某日，小雪竟盜走神器投奔宇文拓而去。面臨了小雪的背叛，拓跋玉兒在寧珂郡主的幫助下，潛入太師府，向小雪詢問實情。原來小雪其實是女媧石轉世，而身為昆侖鏡轉世的宇文拓所作的一切都是為了修補“神州九天結界”。不料離去時，寧珂殺害了玉兒，并引來陳靖仇，將玉兒之死嫁禍給小雪。

陳靖仇帶著玉兒的尸體來到仙界，不料仙人外出，玉兒還是死去。陳靖仇心灰意冷，決定放棄。靖仇離開大興后遇見李世民，并與張烈重逢，并在他們的協助下再度對抗宇文拓。陳靖仇來到通天塔頂，打敗了宇文拓，還將其右臂砍下，寧珂趁機發動偷襲，西方魔界終于降臨，原來寧珂郡主是撒旦手下的女魔將，是一切陰謀背后的真正主導人。眾人到仙山島尋求幫助，眾人奪回琴、鼎、印，并在古月仙人幫助下列出失卻之陣，以宇文拓的昆侖鏡力量回到魔界降臨被劃破之前。之后一行人通過代替虛空之陣的巴別之路前往天上界，并順利到達赤貫核心修補“神州九天結界”。失卻之陣即將再次啟動時，寧珂再次出現，卻被眾人打倒。寧珂臨終前，說出了自己附身寧珂郡主的真相，最后在古月仙人幫助下，將靈魂封入伏羲琴中凈化。此時，誤以為陳靖仇背叛，并在獨孤寧珂唆使之下魔化的陳輔企圖破壞赤貫星，陳靖仇只好忍痛將之除去。

赤貫星成功封印，眾人回到人間，已是十年之后...