該游戲是一款橫向卷軸動作類游戲，根據日本同名漫畫《鋼之煉金術師》改編而成。在游戲中玩家可以進行攻擊、防御等動作，還可以發動角色所特有的技能。游戲包含有豐富的游戲模式，在TV模式中游戲將按照TV版中的劇情發展，在角色模式中玩家通關游戲一次后將追加隱藏的要素，迷你模式內置了眾多迷你游戲。游戲利用NDS的觸摸特性，玩家甚至可以在觸摸屏上畫出煉金的符號進行游戲。游戲中還包含了一個計時鬧鐘提醒功能。

愛德華一行人會在旅程中遇到各種敵對者，從并非人類的“荷蒙庫魯茲”到襲擊各地的國家煉金術師的男人等等，都是強大的對手。本作中針對強敵可以與同伴驅使連攜技進行煉金術的戰斗，根據敵人的種類來靈活選擇同伴，也令本作的戰斗更富戰略性。